La seconde partie commence deux ans et demi après ;
Naruto, Sakura et Sasuke ont chacun terminé leur apprentissage
avec un des trois Sannin, tandis que l'Akatsuki
commence à capturer les démons et leurs hôtes (tels que Naruto).
L'histoire qui suit, narrée par les nouveaux épisodes de Naruto
Shippūden (la version animée) se concentre sur leurs
affrontements et la quête de Sasuke pour tuer son frère et le
combat de l'Akatsuki contre les force de Konoha.
L'histoire commence avec l'enlèvement de Gaara, devenu kazekage,
que l'équipe Gai et l'équipe Kakashi envoyées à la rescousse par
Konoha, réussiront à tirer des griffes d'Akatsuki et à ramener à la
vie, avec l'aide d'une aïeule de Suna.
Ayant glané un renseignement sur Orochimaru lors de cette
mission, l'équipe Kakashi, complétée par Sai, un mystérieux membre
imposé par une puissante section occulte de l'ANBU dont la mission
secrète est l'assassinat de Sasuke, et par un membre de l'ANBU aux ordres
de Tsunade, qui remplace Kakashi alité en tant que chef, part à la
recherche d'Orochimaru pour tenter d'empêcher le transfert d'âme.
Naruto, face à Orochimaru se transforme en démon renard à 4 queues,
obtient ainsi une puissance incroyable et fait armes égales avec le
Sannin ; Sai choisit ce moment pour trahir l'équipe et débuter
sa mission réelle. Les deux missions seront mises en échec par la
puissance du « nouveau » Sasuke, mais Naruto, parvenu au
repère d'Orochimaru avec le reste de l'équipe retournera le
cœur de Sai, celui-ci voulant de ce fait à tout prix
comprendre la nature des liens d'amitié qui poussent Naruto à aller
si loin pour Sasuke.
De retour à Konoha, Naruto déprimé d'être si faible par rapport
à Sasuke, commence un nouvel entraînement supervisé par Kakashi et
destiné à lui faire maîtriser son affinité ninjutsu pour l'ajouter
au Rasengan. Pendant ce temps, 2 membres de l'Akatsuki pénètrent au
pays du Feu et massacrent tous les moines d'un temple, inquiétant
grandement au village de Konoha. Envoyés sur les traces des
ennemis, l'équipe d'Asuma (composée d'Asuma, Shikamaru et deux
jōnins de Konoha) se retrouvera face à eux.
Malheureusement, sans connaissance de la puissance des ennemis,
Asuma se fera tuer et le reste de l'équipe, malgré le renfort de
Chōji, Ino et 2 Jōnins supplémentaires, ne devra son
salut que par le départ des deux ennemis appelés à une autre tâche
urgente. Shikamaru, qui s'est senti impuissant face à la mort de
son sensei combat alors ses démons ; après avoir élaboré une
stratégie, il part avec le reste de l'équipe 10, venger son ancien
maître. Kakashi les rejoint à la porte de Konoha pour les aider.
Pendant que Shikamaru s'occupe de Hidan, l'assassin d'Asuma, le reste de
l'équipe est en grandes difficultés face à l'autre ennemi. Apparaît
alors Naruto (accompagné de Sakura, Sai et Yamato) qui a quasiment fini de mettre au
point sa nouvelle technique qu'il utilisera sur Kakuzu, appelée
Rasengan Shuriken (l'orbe shuriken). Vainqueurs, les
ninjas des 2 équipes rentrent à Konoha, où, après analyse, Tsunade
interdit la nouvelle technique à Naruto, trop dangereuse pour ses
propres cellules.
Pendant ce temps, Sasuke, considérant qu'il n'a plus rien à
apprendre d'un Orochimaru affaibli qui de plus ne va pas tarder à
prendre son corps, se défait de lui non sans mal, grâce son sceau
maudit et au Sharingan. Il conserve néanmoins le Sannin prisonnier
dans son corps. Il part alors dans les différentes caches
d'Orochimaru pour se constituer une équipe à partir des sujets de
tests les plus puissants du Sannin et leur taulière qui a des
pouvoirs spéciaux particulièrement intéressants. Avec cette
nouvelle équipe, il part dans le but de trouver son frère et de le
tuer. Sur la route, il tombe sur Deidara qu'il vaincra avec beaucoup de
difficultés, devant sacrifier
Manda pour échapper à l'explosion qui conclut le
combat.
Au village de Konoha, Jiraya continue à glaner des informations sur
l'Akatsuki, et devant l'urgence, décide d'aller enquêter au vilage
d'Ame sur leur chef. Arrivé sur place, il est détecté par celui-ci
qui s'avère être un de ses anciens élèves qu'il pensait mort,
possesseur du dangereux
Rinnegan qui lui permet de
contrôler 6 corps.Après avoir battu 3 corps, Jiraya tombe, pris par
surprise, non sans réussir à transmettre un message à Konoha avant
de mourir à propos du secret de Pain. Durant le combat, il dévoile ses
techniques Sennin, un style de combat très puissant appris auprès
des ermites crapauds.
Arrivé là où Itachi lui a donné rendez-vous, le reste de
son équipe devant rester en arrière avec le partenaire d'Itachi, le
face-à-face tant attendu peut débuter. Mettant toutes leurs forces
dans la bataille (illusions, puis techniques de feu, puis
techniques spéciales), les deux frères font jeu égal jusqu'au
moment ou Itachi, après avoir débarrassé Sasuke d'Orochimaru, tombe
mort près de son frère vaincu. Lorsqu'il reprend conscience,
Sasuke, immobilisé, doit apprendre que son frère s'est laissé tuer
pour le protéger et qu'il n'a eu de cesse de tout faire pour son
petit frère malgré son combat interne du à son statut secret
d'agent double auprès de Konoha et de sa famille. Déchiré par le
chagrin, et manipulé par un mystérieux membre de l'Akatsuki masqué
se présentant comme Madara Uchiwa le fondateur évincé de Konoha,
Sasuke décide de reformer son équipe pour aller détruire Konoha,
ses dirigeants, et y massacrer tous les habitants.
À Konoha, apprenant la mort de son ancien maître, Naruto plonge
dans la tristesse. Il aide Shikamaru à décrypter le message laissé
par son sensei, puis décide de partir avec les ermites crapauds
apprendre le Senjutsu, techniques Sennin. Pendant ce temps, Sasuke,
qui a reçu l'ordre d'Akatsuki de capturer le démon à 8 queues
Hachibi, ayant reçu la promesse de récupérer la puissance des
bijū pour sa vengeance sur Konoha, est parti avec son
équipe pour Kumo le village de la foudre où se trouve son hôte. Ils
sont cependant dépassés par la puissance de leur adversaire
Kira Hachi. Faisant appel à la technique
Amaterasu, Sasuke finit par le vaincre ; ils le ramènent donc
à l'Akatsuki, mais il s'avère qu'ils ont été trompés par une
technique de transformation et ramené une simple tentacule du
monstre.
Pendant ce temps, les 6 corps de Pain partent à l'assaut de
Konoha pour y chercher Naruto. Après y avoir causé d'énormes dégâts
lors de la recherche d'informations sur Naruto, il finit par
détruire Konoha par une technique violente provoquant un souffle
d'explosion. C'est à ce moment que Naruto revient. Après un combat
remarquable où Naruto expose toute ses capacité nouvellement
acquises, celui-ci semble vaincu par le corps de Pain le plus
puissant qu'il n'a pas réussi à détruire. Survient alors Hinata qui se fait gravement blesser en
voulant s'interposer ; soumis à une violente émotion, Naruto
libère la quasi-totalité du pouvoir du démon renard jusqu'à presque
rompre le sceau du 4e Hokage. C'est
alors que celui-ci apparaît dans son subconscient et lui annonce
qu'il est son père ; une fois le sceau réparé, Naruto reprend
le controle de lui même et le mode Sennin. Il achève magistralement
le corps de pain restant et s'en va vers la planque de Nagato qui contrôle Pain. Celui-ci, suite à
une tentative ratée de l'entraver à nouveau, lui raconte comment il
est devenu Pain… Après cette discussion, Naruto répond à la
question que Nagato lui pose. Celui-ci, grâce au livre de Jiraya
« Chroniques du ninja intrépide », est satisfait
de la réponse et redonne vie à la population de Konoha qui a été
tuée, puis meurt. Konan récupère son corps ainsi que celui de
Yahiko et part en espérant que les
espoirs de ses amis ont bien été transmis à Naruto ; elle
précise également que
amekagure sera du côté de
Naruto.
Sasuke réapparaît et compte se rendre à Konoha pour assouvir sa
vengeance ; un nouvel arc commence… Tsunade ayant
utilisé trop de chakra pour soigner les habitants est tombée dans
le coma. Kakashi est proposé comme Rokudaime Hokage par Shikaku, le père de Shikamaru. Beaucoup sont d'accord, mais Danzou
argumente auprès du seigneur du feu, il dit à celui-ci que c'est à
cause de la politique du Sandaime que tous ces évènements sont
arrivés sur Konoha...Alors, le seigneur du feu élit Danzou comme
Rokudaime. Sa première action fut de répondre à la lettre du
raikage. Sa décision sera que Sasuke Uchiwa pourra être exécuté en tant que
nunkenin (ninja déserteur).
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